DNA Bank Network - Help - Add new dataset

Übersicht >> Dateneingabe >> Specimen-Daten >> Specimen-Datenbank online erreichbar >> Datenbank über Wrapper-url anbinden

Neue Datenbank, neuen Provider anbinden:

Mit diesem Formular können Sie neue Specimen-Datenbanken anbinden.
Die Specimen-Datenbanken liegen bei Providern. Oft hostet ein Provider mehrere Specimen-Datenbanken. Dabei wird für die Datenabfrage oft die selbe url für mehrere Datenbanken eines Providers benutzt. Daher wird im Formular zuerst geprüft, ob die url bereits im DNA-Modul gespeichert wurde und wenn ja für welche Specimen-Datenbanken. (Für den Fall, dass die Specimen-Daten nicht online verfügbar sind, lesen Sie bitte hier weiter)

Die Provider-Url bekommt man zumeist über Gbif (wenn nicht muss man sich an das jeweilige Institut wenden):

1.	http://data.gbif.org/welcome.htm
2.	Nach dem Specimen-Artnamen suchen -> Explore: -> "Occurrences"
3.	Add search filter "Catalogue Number" -> Specimen-Number eintragen -> "Add filter" anklicken -> "Search" anklicken
4.	In der Tabelle "Sample results" ganz rechts beim richtigen Specimen "View" anklicken
5.	Als erster Block erscheint "Dataset" -> auf den Link vom "Dataset" klicken
6.	Ganz unten beim Block "Information" erscheint die Url des Providers als "Access Point Url"

Diese Url muss in das folgende Feld eingetragen werden:

Provider-Url:

Beispiel 1:

http://ww3.bgbm.org/biocase/pywrapper.cgi?dsa=HerbariumImages

Beispiel 2:

http://aadc-maps.aad.gov.au/digir/digir.php

Beispiel 3:

http://www.biologie.uni-ulm.de/cgi-bin/biocase_new/www/pywrapper.cgi?dsa=zoological

Beispiel 3 ist die Url zu den zoologischen Datenbanken, die von SysTax gehostet werden. Diese Url gilt daher für viele Specimen-Datenbanken, auf die möglicherweise hier zugegriffen werden muss. Beispiel 1 hingegen gilt nur für die Specimen-Datenbank "HerbarImages" des BGBM.

Nach der Eingabe der Url bitte auf "Verify" klicken. Jetzt wird in der DNA-Datenbank gesucht, ob diese Url schon existiert.

Fall A - die Url existiert noch nicht:
In diesem Fall erscheint eine entsprechende Meldung und die Möglichkeit, einen neuen Provider/Dataset einzugeben. Dabei wird automatisch das Feld "Provider url" mit dem gesuchten Wert gefüllt, kann jedoch beliebig geändert werden.
Anmerkung: In jedem Fall sollte man einen Verbindungstest durchführen bevor man speichert, das heißt, prüfen, ob der Provider erreichbar ist. Wenn eine Fehlermeldung kommt, kann man es ein paar Minuten später noch einmal probieren. Möglicherweise lag nur ein temporäres Problem vor. Sollte der Verbindungstest jedoch mehrfach fehlschlagen, muss man sich an den zuständigen Provider wenden. Um zu prüfen, ob das Skript richtig arbeitet, kann man als Test eine "normale Webseite" eingeben (z.B. http://www.bgbm.org).

Die Eingabe des verwendeten Schemas ist zwingend erforderlich. Man kann dieses aus der Liste auswählen (ABCD 1.2, ABCD 2.05, ABCD 2.06, DarwinCore/Digir).

Welches Schema verwendet wird, erkennt man, indem man die Provider-Url aufruft bzw. schon an der Url selber, z.B. wenn wie in Beispiel 2 in der url bereits die Bezeichnung "digir" auftaucht.
Beim Aufrufen der Url erhält man ein xml-Schema, in dem im oberen Teil u.a. diese oder eine ähnliche Zeile zu finden ist:

In diesem Fall (Beispiel 1), wäre es das Schema ABCD 1.2, bei Beispiel 3 wäre es ABCD 2.06.
Desweiteren muss eine Bezeichnung eingegeben werden (das ist die Info, dass in der DNA-Input-Mask im Auswahl-Feld erscheint) und ausgewählt werden, ob es sich um eine externe oder interne Datenbank handelt. Diese Zuordnung und Bezeichnung soll Ihnen die Bedienung und das Wiederfinden erleichtern. Da Sie auf die hauseigenen Datenbanken häufiger zugreifen werden und daher eine kurze eigene Liste handlicher ist.

Fall B - die Url existiert bereits:
In diesem Fall erhält man eine Liste mit den bereits gespeicherten Specimen-Datenbank-Verknüpfungen. Wenn wir z.B. für die SysTax-Url (Beispiel 3) bereits einen Eintrag haben der "Zoologische Staatssammlung München - Mollusca" heißt und nun als nächstes "Zoologische Staatssammlung München - Arachnida" anbinden wollen kann man dafür entweder einen neuen Dataset-Eintrag für den Provider festlegen oder man ändert den Namen "Zoologische Staatssammlung München - Mollusca" in "Zoologische Staatssammlung München " um und legt keinen neuen Eintrag fest. Das bleibt dem Nutzer überlassen. Eine Liste aller gehosteten Datenbanken von SysTax findet man bei Gbif. SysTax ist ein Beispiel, wo sehr viele Datenbanken gehostet werden. Je mehr Datenbanken Sie anbinden werden, desto häufiger werden Sie jedoch weitere Provider finden, die mehr als eine Specimen-Datenbank hosten.
Es kann daher der Fall eintreten, dass Sie eine Specimen-Nummer in die DNA-Input-Mask eingeben und mehr als einen Treffer bekommen, einfach weil dieselbe Nummer in verschiedenen Datenbanken des Providers verwendet wird. In diesem Fall können Sie jedoch das gewünschte Specimen anklicken (im Hintergrund werden nun weitere Identifier übergeben und abgefragt) und bekommen die gewünschten Daten angezeigt.
Anmerkung: Sollte es sich um einen Digir-Provider handeln ist der Bearbeitungsmodus generell deaktiviert! Das liegt daran, dass Digir zwei weitere Parameter für die "Ansprache" der richtigen Specimen-Datenbank benötigt und somit eine "Sammel-Url" für Datenbanken desselben Digir-Providers nicht zum gewünschten Ergebnis führen würde. Jede Digir-Specimen-Datenbank muss also einzeln angebunden werden.

Wenn der Provider mit Digir arbeitet, ist die Eingabe zweier weiterer Parameter zwingend erforderlich: Resource und Source.

1.-4.	siehe oben
5.	„Retrieve original record from data provider” anklicken (ganz oben in dem hellrosa Kasten)
6.	man erhält ein XML-Schema, wobei die ersten Zeilen so aussehen sollten:
<response> <header> <version>$Revision: 1.10 $</version> <sendTime>01-12-2007 01:28:09+1100</sendTime> <source resource="seabirds">http://aadc-maps.aad.gov.au:80/digir/digir.php</source> <destination>192.38.28.101</destination> </header>
7.	seabirds ist in diesem Fall die resource und http://aadc-maps.aad.gov.au:80/digir/digir.php ist die source. (In diesem Beispiel handelt es sich also offensichtlich um eine Datenbank über Seevögel.) Die Source unterscheidet sich in diesem Fall durch ":80" von der url in Beispiel 2. Mitunter kann es jedoch passieren, dass die source mit der Provider-Url identisch ist. Die Eingabe der source ist aber in jedem Fall zwingend. Es kann auch vorkommen, dass die resource sehr kryptisch aussieht, z.B. rsr941f2d0ae5d102bfc2267d999a16650b für eine entomologische Datenbank in Dänemark.
8.	Diese Angaben sind in die beiden folgenden Felder einzutragen:

Digir-Resource:

Digir-Source:

Bei jeder neuen Digir-Datenbank muss natürlich auch eine Bezeichnung eingegeben werden und ausgewählt werden, ob es sich um eine interne oder externe Datenbank handelt (so wie oben bei Fall A beschrieben)